Desde los años 90 la Reacción en Cadena de la Polimerasa fue aplicada al diagnóstico de la infección por virus dengue. En la actualidad es una herramienta indispensable en el diagnóstico confirmatorio, la vigilancia del serotipo circulante durante una epidemia y en la vigilancia entomológica, siendo esencial en las investigaciones a nivel del laboratorio. Se han desarrollado números protocolos que han demostrado la utilidad de diversas muestras clínicas. Con el desarrollo de nuevas tecnologías ha surgido la PCR en tiempo real con múltiples ventajas con relación a la PCR convencional, siendo más rápida, segura y sensible como método de diagnóstico y además permite cuantificar la carga viral. Estos estudios han permitido establecer la relación de este parámetro de expresión de la infección, con el cuadro clínico, el tipo de infección y el serotipo infectante, en diferentes grupos etarios, estableciéndose  correspondencia de la magnitud de la carga viral con la patogenia de la enfermedad. Los resultados de esos estudios permiten evaluar la posibilidad de establecer un marcador temprano del desarrollo de las formas severas de la enfermedad que pudiera ser empleado para definir la conducta clínica a seguir oportunamente.